일부 건강검진항목은 확실히 공복이 필요하지만 고혈압, 당뇨병, 심장병 등 만성질환이 있는 환자의 경우 건강검진을 받기 전에 약을 복용할지 여부는 의사에게 상담할 수 있다. 례를 들어 중증 고혈압환자는 혈압을 조절하기 위해 매일 아침 항고혈압제를 복용해야 하는데 경솔하게 약물을 중단하거나 복용을 연기하면 혈압이 급격히 상승하여 위험할 수 있다. 소량의 항고혈압제를 복용하는 것은 건강검진결과에 미치는 영향이 경미하고 의사도 혈압조절상황에 따라 혈압강하 계획을 평가할 수 있다.
검사항목에 대한 약물의 간섭과 오도를 피하기 위해 호르몬 및 항생제, 비타민, 리뇨제, 소염진통제, 일부 혈당강하제(메트포르민 등), 체중감량제, 피임약 등은 3일 동안 약물을 중단한 후 건강검진을 받는 것이 좋다.
